Une part importante de la chémo-informatique consiste en la recherche de toutes les structures possibles pour une molécule. Dans une trajectoire, c.à.d l'évolution de la molécule dans le temps, les liaisons entre atomes possibles sont connues. On peut donc représenter une trajectoire par une suite de graphes, dans lesquels certaines arêtes sont des liaisons communes à tous les graphes tandis que d'autres sont des liaisons qui varient au cours du temps. 

Une méthodologie pour analyser la proximité structurelle entre plusieurs molécules est de les considérer au niveau des cycles formés par les liaisons entre les atomes.L'hypothèse que l'on souhaite confirmer est le lien entre les cycles et la structure tridimensionnelle de la molécule. Pour cela, on va utiliser la base de cycles minimum de chaque graphe, considérée alors comme l'ensemble de cycles pertinents de celui-ci. Cependant, une base de cycles minimum n'est pas toujours unique, et cela constitue un problème si on souhaite utiliser cette base comme un outil d'analyse.

Dans notre soucis de trouver des ensembles de cycles pertinents pour modéliser l'évolution d'une trajectoire; nous nous sommes orientés vers la maximisation de l'intersection des bases de cycles. On souhaite non seulement avoir une base de cycles minimum pour chaque graphe mais également que ces bases soient les plus "proches".